Не совсем понял суть проблемы. будем разбираться. При включение зажигания если климат включен, то вентилятор должен молотить. При включении стартера вся переферия и климат в том числе временно отрубается(для сохранения энергии). При выключении климата вентилятор молотит или нет.

При переходе климата в режим AUTO вентилятор на какой скорости молотит при изменении температуры

В режиме MANUAL скорость вентилятора меняется только между 3 и четвертой или есть и другие скоростя? Скоростью работы вентилятора заведует сам блок климата без посредников. Так, что если малых оборотов нема, копай электронику.